Die Metaphysik und ihr Teilbereich Ontologie erforschen die Realität, aus welchen Teilen sich diese zusammensetzt und wie diese Teile systematisch zusammenpassen. Dies schließt Fragen danach ein, welche Entitäten in der Welt existieren (z. B. Menschen, Zeit, Raum), zu welchen Kategorien diese gehören (z. B. Substanzen oder Eigenschaften), welche Relationen zwischen diesen existieren können (z. B. kausale, begründende oder type-token-Beziehungen) und welche verschiedenen Existenzmodi (z. B. notwendig oder kontingent) diese haben können. Ein wichtiges Thema für die Metaphysik sind auch wir Menschen und unsere Fähigkeiten, einschließlich der Fragen danach, ob wir einen freien Willen haben und welcher Art die Naturgesetze sein müssten (z. B. deterministisch oder probabilistisch) um einen solchen zu ermöglichen. Jeder Aspekt der Realität ist letztlich Gegenstandsbereich der Metaphysik, so gibt es etwa auch eine Metaphysik der sozialen Realität, die zum Beispiel fragt, ob es irgendetwas gibt, das sozialen Kategorien wie Geschlecht oder Ethnie zugrunde liegt.

Die meisten Religionen postulieren eine transzendente oder göttliche Realität. Die Metaphysik der Religion untersucht, welche Konditionen für eine solche Realität erfüllt sein müssten, damit sie existieren kann, wie eine solche Realität gestaltet sein könnte, oder auch nicht gestaltet sein könnte, sowie welche (metaphysischen) Argumente für oder gegen ihre Existenz sprechen könnten. Andere Beispiele für die metaphysische Erforschung von Religion betreffen etwa die Beziehung zwischen dem Göttlichen und den Menschen (z. B. ob Menschen einen freien Willen haben können, wenn Gott die Zukunft kennt), die Frage, ob so etwas wie eine „Religion“ als einzelne Sache überhaupt existiert, und schließlich auch die Metaphysik des Todes und des Lebens nach dem Tod.