Die Infrastruktur des Forschungsinstituts für Limnologie, Mondsee, bietet eine umfassende Grundausstattung für die wissenschaftliche Forschung an limnologischen und evolutionsbiologischen Fragestellungen. Für die Arbeit im Freiland stehen dem Institut zwei Kraftfahrzeuge, zwei Forschungsboote und eine Zille mit Außenbordmotor zur Verfügung. Die Probenahmegeräte inkludieren Wasserschöpfer, Planktonnetze in unterschiedlichen Maschenweiten, zwei Multisonden, Sedimentfallen, Multimaschennetze und ein Uferzugnetz, zwei Ringwaden, ein wissenschaftliches Echolot u.a. Das Forschungsgebäude ist mit fünf begehbaren Klimakammern und zwei Aquarienräumen, für die Aufzucht und Kultivierung von zum Teil empfindlichen Arten (z.B. Renken) bei unterschiedlichen Temperaturen, ausgestattet. Auch im Laborbereich können MitarbeiterInnen und wissenschaftliche Gäste sowie Auszubildende mit moderner Laborinfrastruktur arbeiten.
